W Odkurzaczu zastosowano pewną znaną funkcję czyszczącą, jaką jest "Wyszukiwanie zbędnych folderów". Owa funkcja, prócz odszukania zbędnych folderów utworzonych przez programy, potrafi odnaleźć także foldery utworzone przez potencjalnie szkodliwe oprogramowanie.
Bardzo często zdarza się, że "szkodnik" jest już usunięty przez program antywirusowy, ale pozostają po nim foldery z różną zawartością, którą szkodliwe oprogramowanie wykorzystywało np.: do wyświetlania reklam. Antywirus nie usuwa takiej zawartości, ponieważ z jego punktu widzenia nie ma tam już nic, co by zagrażało użytkownikowi komputera.
W tej sytuacji, folder po "szkodniku", Odkurzacz oznaczy w oknie "Wyszukiwania zbędnych folderów" jako zbędny i usunie. Lecz nie zawsze jest to możliwe.
Zdarza się, że antywirus nie widzi zagrożenia, a "szkodnik" nadal jest aktywny i blokuje folder przed usunięciem go z dysku. Podczas próby usunięcia, Odkurzacz oznaczy taki folder na czerwono z ikoną "znaku zakazu". Poniżej przykład problemu z usunięciem folderu używanego przez szkodliwy program "Ask Toolbar", który dodaje do przeglądarek własną wyszukiwarkę.
W takiej sytuacji pozostaje skorzystać z dwóch możliwości.
Pierwsza, to zlokalizowanie uruchomionego programu z folderu, którego nie można usunąć. Następnie za pomocą systemowego "Menedżera zadań" odnaleźć i zamknąć proces "szkodnika". Po takiej operacji można spróbować usunąć wskazany folder ręcznie lub ponowić próbę usuwania za pomocą Odkurzacza.
Drugą możliwością jest skorzystanie ze specjalistycznych aplikacji do usuwania potencjalnie szkodliwego oprogramowania (z ang. PUP). Poniżej lista wyłącznie darmowych programów, które prócz neutralizacji "szkodnika", potrafią usuwać pozostałości w postaci folderów i wpisów w rejestrze po szkodliwym oprogramowaniu:
